MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1047L

Total Repeats: 219

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187140	TTA	2	6	1010	1015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202341
2	NT_187140	T	8	8	1022	1029	0 %	100 %	0 %	0 %	426202341
3	NT_187140	AT	3	6	1082	1087	50 %	50 %	0 %	0 %	426202341
4	NT_187140	TCA	2	6	1102	1107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202341
5	NT_187140	T	6	6	1121	1126	0 %	100 %	0 %	0 %	426202341
6	NT_187140	CTTTT	2	10	1145	1154	0 %	80 %	0 %	20 %	426202341
7	NT_187140	T	6	6	1151	1156	0 %	100 %	0 %	0 %	426202341
8	NT_187140	ATA	2	6	1163	1168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202341
9	NT_187140	A	6	6	1186	1191	100 %	0 %	0 %	0 %	426202341
10	NT_187140	ATA	2	6	1220	1225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202341
11	NT_187140	TTC	2	6	1262	1267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202341
12	NT_187140	ATA	2	6	1307	1312	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202341
13	NT_187140	TTA	2	6	1329	1334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202341
14	NT_187140	T	6	6	1368	1373	0 %	100 %	0 %	0 %	426202341
15	NT_187140	CTT	2	6	1383	1388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202341
16	NT_187140	ATA	2	6	1392	1397	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202341
17	NT_187140	A	6	6	1397	1402	100 %	0 %	0 %	0 %	426202341
18	NT_187140	TTA	2	6	1407	1412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202341
19	NT_187140	TG	3	6	1457	1462	0 %	50 %	50 %	0 %	426202341
20	NT_187140	TTA	2	6	1473	1478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202341
21	NT_187140	T	8	8	1479	1486	0 %	100 %	0 %	0 %	426202341
22	NT_187140	ACT	2	6	1505	1510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202341
23	NT_187140	T	8	8	1512	1519	0 %	100 %	0 %	0 %	426202341
24	NT_187140	CTTT	2	8	1542	1549	0 %	75 %	0 %	25 %	426202341
25	NT_187140	A	7	7	7971	7977	100 %	0 %	0 %	0 %	426202342
26	NT_187140	AAT	3	9	7997	8005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202342
27	NT_187140	TTTA	2	8	8009	8016	25 %	75 %	0 %	0 %	426202342
28	NT_187140	TAA	2	6	8033	8038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202342
29	NT_187140	GCA	2	6	8139	8144	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202342
30	NT_187140	AAG	2	6	8152	8157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202342
31	NT_187140	TGA	2	6	8180	8185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202342
32	NT_187140	GAAA	2	8	8203	8210	75 %	0 %	25 %	0 %	426202342
33	NT_187140	ATG	2	6	8218	8223	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202342
34	NT_187140	TGCTGA	2	12	8237	8248	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	426202342
35	NT_187140	ATA	2	6	8289	8294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202342
36	NT_187140	GGAA	2	8	8303	8310	50 %	0 %	50 %	0 %	426202342
37	NT_187140	ATG	2	6	8437	8442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202342
38	NT_187140	TGA	2	6	8447	8452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202342
39	NT_187140	A	7	7	8459	8465	100 %	0 %	0 %	0 %	426202342
40	NT_187140	TAGA	2	8	8470	8477	50 %	25 %	25 %	0 %	426202342
41	NT_187140	TGG	2	6	8489	8494	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202342
42	NT_187140	GCA	2	6	8529	8534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202342
43	NT_187140	TTA	2	6	8544	8549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202342
44	NT_187140	GCT	2	6	8553	8558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202342
45	NT_187140	ATG	2	6	8560	8565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202342
46	NT_187140	A	7	7	9004	9010	100 %	0 %	0 %	0 %	426202343
47	NT_187140	AAT	3	9	9030	9038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
48	NT_187140	TTTA	2	8	9042	9049	25 %	75 %	0 %	0 %	426202343
49	NT_187140	GTA	2	6	9065	9070	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202343
50	NT_187140	AGC	2	6	9093	9098	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202343
51	NT_187140	T	6	6	9115	9120	0 %	100 %	0 %	0 %	426202343
52	NT_187140	AT	3	6	9155	9160	50 %	50 %	0 %	0 %	426202343
53	NT_187140	AAAGT	2	10	9227	9236	60 %	20 %	20 %	0 %	426202343
54	NT_187140	ACT	2	6	9274	9279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202343
55	NT_187140	AAATA	2	10	9303	9312	80 %	20 %	0 %	0 %	426202343
56	NT_187140	AATT	2	8	9392	9399	50 %	50 %	0 %	0 %	426202343
57	NT_187140	CTAA	2	8	9406	9413	50 %	25 %	0 %	25 %	426202343
58	NT_187140	AAG	2	6	9431	9436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202343
59	NT_187140	TAA	2	6	9462	9467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
60	NT_187140	TGC	2	6	9474	9479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202343
61	NT_187140	GCT	2	6	9484	9489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202343
62	NT_187140	ATT	2	6	9532	9537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202343
63	NT_187140	CTG	2	6	9620	9625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202343
64	NT_187140	TGC	2	6	9630	9635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202343
65	NT_187140	ATA	2	6	9638	9643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
66	NT_187140	GAA	2	6	9676	9681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202343
67	NT_187140	TAA	2	6	9711	9716	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
68	NT_187140	ATA	2	6	9758	9763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
69	NT_187140	GCT	3	9	9835	9843	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202343
70	NT_187140	TGC	2	6	9885	9890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202343
71	NT_187140	AGC	3	9	9912	9920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202343
72	NT_187140	TAA	2	6	9959	9964	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
73	NT_187140	AAG	2	6	10001	10006	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202343
74	NT_187140	TAA	2	6	10077	10082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202343
75	NT_187140	GTT	2	6	10210	10215	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202344
76	NT_187140	CTG	2	6	10238	10243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
77	NT_187140	TCT	2	6	10249	10254	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202344
78	NT_187140	TAT	2	6	10320	10325	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202344
79	NT_187140	TGC	3	9	10356	10364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
80	NT_187140	ATT	2	6	10395	10400	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202344
81	NT_187140	AGC	2	6	10404	10409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202344
82	NT_187140	GCT	2	6	10450	10455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
83	NT_187140	CTT	2	6	10467	10472	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202344
84	NT_187140	AGC	3	9	10509	10517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202344
85	NT_187140	CTG	2	6	10523	10528	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
86	NT_187140	CTT	2	6	10538	10543	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202344
87	NT_187140	CACCAG	2	12	10556	10567	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	426202344
88	NT_187140	GAA	2	6	10592	10597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202344
89	NT_187140	TGC	2	6	10632	10637	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
90	NT_187140	CAG	2	6	10661	10666	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202344
91	NT_187140	T	6	6	10695	10700	0 %	100 %	0 %	0 %	426202344
92	NT_187140	CTG	2	6	10709	10714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
93	NT_187140	TAG	2	6	10718	10723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202344
94	NT_187140	CTG	2	6	10724	10729	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
95	NT_187140	GCA	2	6	10816	10821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202344
96	NT_187140	AGC	2	6	10848	10853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202344
97	NT_187140	GCT	2	6	10873	10878	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202344
98	NT_187140	TAA	2	6	10916	10921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202344
99	NT_187140	ACT	2	6	10930	10935	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202344
100	NT_187140	CTT	2	6	10983	10988	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202344
101	NT_187140	T	6	6	10987	10992	0 %	100 %	0 %	0 %	426202344
102	NT_187140	TGT	2	6	10995	11000	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202344
103	NT_187140	TAG	2	6	11003	11008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202344
104	NT_187140	ATAA	2	8	11200	11207	75 %	25 %	0 %	0 %	426202344
105	NT_187140	ATT	3	9	11212	11220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202344
106	NT_187140	T	7	7	11240	11246	0 %	100 %	0 %	0 %	426202344
107	NT_187140	C	6	6	14057	14062	0 %	0 %	0 %	100 %	426202345
108	NT_187140	T	7	7	14154	14160	0 %	100 %	0 %	0 %	426202345
109	NT_187140	TCA	2	6	14235	14240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202345
110	NT_187140	TTG	2	6	14253	14258	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202345
111	NT_187140	AAG	2	6	14289	14294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202345
112	NT_187140	T	6	6	14305	14310	0 %	100 %	0 %	0 %	426202345
113	NT_187140	CTTTT	2	10	14324	14333	0 %	80 %	0 %	20 %	426202345
114	NT_187140	TTC	2	6	14339	14344	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202345
115	NT_187140	T	6	6	14350	14355	0 %	100 %	0 %	0 %	426202345
116	NT_187140	CTT	2	6	14359	14364	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202345
117	NT_187140	ACT	2	6	14432	14437	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202345
118	NT_187140	TAG	2	6	14441	14446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202345
119	NT_187140	TAA	2	6	14447	14452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202345
120	NT_187140	AAAAT	2	10	14457	14466	80 %	20 %	0 %	0 %	426202345
121	NT_187140	T	6	6	14564	14569	0 %	100 %	0 %	0 %	426202346
122	NT_187140	TTC	2	6	14585	14590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202346
123	NT_187140	TAG	2	6	14602	14607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202346
124	NT_187140	AT	3	6	14608	14613	50 %	50 %	0 %	0 %	426202346
125	NT_187140	C	6	6	14623	14628	0 %	0 %	0 %	100 %	426202346
126	NT_187140	A	6	6	14630	14635	100 %	0 %	0 %	0 %	426202346
127	NT_187140	ATT	2	6	14648	14653	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202346
128	NT_187140	TTA	2	6	14667	14672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202346
129	NT_187140	ATT	2	6	14678	14683	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202346
130	NT_187140	ATT	2	6	14690	14695	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202346
131	NT_187140	CAAT	2	8	14703	14710	50 %	25 %	0 %	25 %	426202346
132	NT_187140	TA	3	6	14720	14725	50 %	50 %	0 %	0 %	426202346
133	NT_187140	TTA	2	6	14739	14744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202346
134	NT_187140	T	6	6	14754	14759	0 %	100 %	0 %	0 %	426202346
135	NT_187140	TCT	2	6	14766	14771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202346
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141	NT_187140	TACT	2	8	15061	15068	25 %	50 %	0 %	25 %	426202346
142	NT_187140	A	7	7	16714	16720	100 %	0 %	0 %	0 %	426202347
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219	NT_187140	AT	3	6	21847	21852	50 %	50 %	0 %	0 %	426202349

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.